Η διατήρηση της υγιεινής κατάστασης και της καθαριότητας σε ένα χώρο επεξεργασίας τροφίμων, κρίσιμος παράγοντας για την ασφάλεια των παραγόμενων προϊόντων, είναι αποτέλεσμα της προσπάθειας σχεδόν του συνόλου του απασχολούμενου προσωπικού μιας επιχείρησης. Εκτός από το προσωπικό που έχει αναλάβει την καθαριότητα και την υγιεινή (συμπεριλαμβανομένης της απολύμανσης), σημαντικό ρόλο παίζει το προσωπικό που πραγματοποιεί την συντήρηση του εξοπλισμού, τον ποιοτικό έλεγχο και την παραγωγή.

Η εγκατάσταση ενός συστήματος ελέγχου και πρόληψης σε όλη την αλυσίδα χειρισμού των τροφίμων (πρωτογενής παραγωγή, μεταποίηση, εμπορία) αποτελεί, εκτός από νομοθετική απαίτηση, απαίτηση της ίδιας της αγοράς των τροφίμων. Ιδιαίτερα οι αλυσίδες super market και οι εξαγωγείς είναι αυστηροί όσον αφορά την εφαρμογή των ΣΔΑΤ όπως το ISO 22000 και η συμμόρφωση με τις αρχές HACCP του Codex Alimentarius, από τους προμηθευτές τους.

Χωρίς αμφιβολία τα διατροφικά σκάνδαλα από τα οποία τόσο έχει υποφέρει ο δυτικός κόσμος τα τελευταία χρόνια, έχουν προκαλέσει μια έλλειψη εμπιστοσύνης στους καταναλωτές τόσο προς τα ερευνητικά ιδρύματα και τους κρατικούς φορείς ελέγχου όσο και προς όλη τη βιομηχανία τροφίμων. Στα γεγονότα του παρελθόντος (διοξίνες, παράνομα φυτοφάρμακα σε λαχανικά, αλλοιωμένες παρτίδες γαλακτοκομικών) ήρθε να προστεθεί και το επιμολυσμένο ηλιέλαιο. Σιγά σιγά όσο η Ελλάδα γίνεται όλο και περισσότερο μέρος της Ευρώπης τόσο περισσότερο επηρεάζεται από τέτοιου είδους προβλήματα και φυσικά το τελευταίο γεγονός με το Ουκρανικό ηλιέλαιο υπήρξε η αφορμή έστω και αργά για να προκύψει ένας προβληματισμός πάνω στο θέμα της ασφάλειας των τροφίμων και του τρόπου αντιμετώπισης των προβλημάτων που προκύπτουν.

Από την 1/1/2005 σύμφωνα με την ευρωπαϊκή νομοθεσία όλες οι εταιρίες που εμπλέκονται στην αλυσίδα των τροφίμων θα πρέπει να εφαρμόζουν υποχρεωτικά σύστημα ιχνηλασιμότητας. Ιχνηλασιμότητα στη Βιομηχανία των τροφίμων  είναι η δυνατότητα ανίχνευσης και παρακολούθησης τροφίμων, ζωοτροφών και ζώων που χρησιμοποιούνται για την παραγωγή τροφίμων ή ουσιών που πρόκειται ή αναμένεται να ενσωματωθούν σε τρόφιμα ή σε ζωοτροφές σε όλα τα στάδια της παραγωγής, μεταποίησης και διανομής τους.