Η πιστοποίηση σύμφωνα με το πρότυπο ISO 9001:2015 απευθύνεται στο σύνολο των επιχειρήσεων, ανεξαρτήτως αντικειμένου δραστηριότητας, ενώ αντίθετα, το ISO 22000:2005 είναι ένα πρότυπο το οποίο απευθύνεται αποκλειστικά στις εταιρίες που χειρίζονται τρόφιμα ή υλικά που έρχονται σε άμεση ή έμμεση επαφή με τρόφιμα (π.χ παραγωγή πλαστικών φιλμ συσκευασίας τροφίμων κ.α.), καθώς και σε ζωοτροφές.

Το ISO 9001:2015 είναι ένα πρότυπο διαχείρισης της ποιότητας και εστιάζει στην οργάνωση, τη λειτουργία της επιχείρησης και την επικοινωνία της με τρίτους (π.χ. πελάτες, προμηθευτές κλπ). Σύμφωνα με το ISO 9001 η εταιρεία οργανώνεται και λειτουργεί σύμφωνα με συγκεκριμένες προδιαγραφές με στόχο την συνεχή βελτίωσή της, η οποία αποδεικνύεται μέσω μετρήσιμων ποσοτικών δεικτών. Σημαντικό ρόλο παίζει η αναγνώριση και καταγραφή του συνόλου των διεργασιών της επιχείρησης (παραγωγικές, διοικητικές, υποστηρικτικές κ.α.).  Από την άλλη, το ISO 22000 ενσωματώνει τις αρχές του HACCP και εστιάζει στο κομμάτι της παραγωγικής διαδικασίας και ιδιαίτερα την ασφάλεια των τροφίμων. Σημαντικό ρόλο παίζει η αναγνώριση και καταγραφή του συνόλου των διεργασιών που λαμβάνουν χώρα κατά την παραγωγική διαδικασία (flow chart) και η διαχείριση του τρόπου που αυτές οι διεργασίες δεν θα επιβαρύνουν το τελικό προϊόν. Πάραυτα ορισμένα στοιχεία διαχείρισης είναι κοινά και για τα δυο συστήματα.