Η εγκατάσταση ενός συστήματος ελέγχου και πρόληψης σε όλη την αλυσίδα χειρισμού των τροφίμων (πρωτογενής παραγωγή, μεταποίηση, εμπορία) αποτελεί, εκτός από νομοθετική απαίτηση, απαίτηση της ίδιας της αγοράς των τροφίμων. Ιδιαίτερα οι αλυσίδες super market και οι εξαγωγείς είναι αυστηροί όσον αφορά την εφαρμογή των ΣΔΑΤ όπως το ISO 22000 και η συμμόρφωση με τις αρχές HACCP του Codex Alimentarius, από τους προμηθευτές τους.

Το κόστος εφαρμογής ενός τέτοιου συστήματος δεν περιορίζεται μόνο στην αμοιβή του συμβούλου για την σύνταξη της μελέτης και την αμοιβή  του Φορέα Πιστοποίησης για την επιθεώρηση και την έκδοση του Πιστοποιητικού, όπως συνήθως παρουσιάζεται.

Η εφαρμογή ενός ΣΔΑΤ κατά περίπτωση περιλαμβάνει τις εξής επιβαρύνσεις για την επιχείρηση τροφίμων:

1. Κόστος αγοράς του προτύπου από τον αντίστοιχο φορέα (π.χ. ΕΛΟΤ, BRC, IFS  κλπ)
2. Κόστος σύνταξης και εφαρμογής της μελέτης. (εφάπαξ επιβάρυνση εκτός εάν συμφωνηθεί περαιτέρω υποστήριξη)
3. Κόστος κτιριακών παρεμβάσεων για την συμμόρφωση των εγκαταστάσεων της επιχείρησης με τους Κανόνες Ορθής Υγιεινής Πρακτικής (εφάπαξ επιβάρυνση για την εγκατάσταση των παρεμβάσεων)
4. Κόστος εγκατάστασης συστήματος απεντομώσεων – μυοκτονιών από κατάλληλη εταιρία με άδεια λειτουργίας από τις αρμόδιες Υγειονομικές Αρχές σε ισχύ και η οποία να χρησιμοποιεί εγκεκριμένα σκευάσματα (συνήθως η επιβάρυνση είναι ετήσια, η συνεργασία θα πρέπει να ανανεώνεται κάθε χρόνο)
5. Κόστος πραγματοποίησης αναλύσεων α’ υλών, τελικών προϊόντων και νερού σε διαπιστευμένο εργαστήριο ή στο εργαστήριο ποιοτικού ελέγχου της ίδιας της εταιρίας εφόσον υπάρχει (ο αριθμός, το είδος και η συχνότητα των αναλύσεων διαφέρει ανάλογα με  το είδος της επιχείρησης)
6. Κόστος εγκατάστασης, εφαρμογής και επαλήθευσης συστήματος καθαρισμού π.χ. αγορά εγκεκριμένων ειδικών καθαριστικών, swab tests κλπ (η επιβάρυνση είναι συνεχής και διαφέρει ανάλογα με το μέγεθος και τις ανάγκες της εκάστοτε εταιρίας)
7. Κόστος διακρίβωσης οργάνων ελέγχου όπως τα θερμόμετρα και οι ζυγοί από κατάλληλο φορέα (ετήσια συνήθως επιβάρυνση)
8. Κόστος Πιστοποίησης από διαπιστευμένο Φορέα Πιστοποίησης. (η επιβάρυνση είναι ετήσια καθώς ο Φορέας πραγματοποιεί ετήσιο έλεγχο της εφαρμογής και καταλληλότητας του ΣΔΑΤ)