Θα μπορούσε κανείς να διαχωρίσει τα πλεονεκτήματα που απορρέουν από την εγκατάσταση ενός συστήματος διαχείρισης ασφάλειας τροφίμων, σε δύο βασικά επίπεδα: i) σε αυτό της έμμεσης επιρροής στην διεθνή και εγχώρια αγορά και ii) σε αυτό της άμεσης βελτίωσης λειτουργίας της ίδιας της επιχείρησης. Πιο αναλυτικά τα πλεονεκτήματα είναι:

i) Εμπορικά πλεονεκτήματα

• Αποτελεί επιχειρηματικό εργαλείο που με την κατάλληλη προβολή, μπορεί να βελτιώσει τις πωλήσεις
• Ενίσχυση της ποιότητας και του αισθήματος της ασφάλειας, όπως τα αντιλαμβάνονται οι πελάτες
• Το σήμα της Πιστοποίησης προσδίδει αναγνωρισιμότητα και ευκολία διάθεσης των προϊόντων
• Ισχυρή εταιρική εικόνα
• Προστιθέμενη αξία προϊόντος

ii) Λειτουργικά πλεονεκτήματα

• Βελτίωση της αποδοτικότητας της επιχείρησης
• Καλύτερος έλεγχος της παραγωγής από τη διοίκηση
• Μέσω του προγράμματος ιχνηλασιμότητας και ανάκλησης των προϊόντων που τυχόν παρουσιάζουν πρόβλημα, ελαχιστοποιούνται οι τυχόν απώλειες και οι οικονομικές ζημιές και προφυλάσσεται το κύρος της επιχείρησης
• Πλήρης συμμόρφωση με την Κοινοτική Νομοθεσία, αφού η εγκατάσταση και λειτουργία Συστήματος Διαχείρισης Ασφάλειας Τροφίμων θεωρείται απαραίτητη σε όλες τις επιχειρήσεις της αλυσίδας τροφίμων (υποχρεωτική εφαρμογή μελέτης HACCP σε Παγκόσμιο επίπεδο)
• Συνεχής αναβάθμιση της συνολικής διαχείρισης/λειτουργίας της επιχείρησης μέσω μετρήσιμων ποιοτικών και ποσοτικών στόχων