Η σημασία της εγκατάστασης και πιστοποίησης συστημάτων ασφάλειας των τροφίμων συνεχώς μεγαλώνει και ολοένα μεγαλύτερος αριθμός επιχειρήσεων ενδιαφέρεται για τα σχετικά θέματα. Η νομοθεσία σχετικά με τα τρόφιμα απαιτεί, ως ελάχιστη και αναγκαία προϋπόθεση, την εφαρμογή μιας μελέτης HACCP, χωρίς ωστόσο να απαιτεί και την πιστοποίηση αυτής. Από κει και πέρα, κάθε επιχείρηση μελετώντας τις ανάγκες της και τους διαθέσιμους πόρους μπορεί να κάνει το βήμα παραπάνω και να προχωρήσει εθελοντικά στην πιστοποίηση του συστήματος ασφάλειας των τροφίμων που εφαρμόζει για εμπορικούς, λειτουργικούς και διαχειριστικούς λόγους.

Για να βοηθηθεί η επιχείρηση να επιλέξει το κατάλληλο, από μια πληθώρα προτύπων που μπορούν να πιστοποιηθούν, θα πρέπει να υπολογιστεί μεταξύ άλλων ο παράγοντας που αφορά το οικονομικό κομμάτι και για το λόγο αυτό είναι σημαντικό να γνωρίζει κανείς, κατά την διαδικασία της επιλογής, το πραγματικό κόστος εγκατάστασης ενός συστήματος ασφάλειας τροφίμων. Έπειτα, θα πρέπει να αποφασιστεί ποίο από τα υπάρχοντα πρότυπα εξυπηρετεί τις ανάγκες της επιχείρησης. Υπάρχουν πολύπλοκα τεχνικά πρότυπα ασφάλειας των τροφίμων όπως το BRC και το IFS που είναι αρκετά απαιτητικά και απευθύνονται σε επιχειρήσεις που στοχεύουν την είσοδό τους σε συγκεκριμένες αγορές του εξωτερικού. Υπάρχει το ευρέως αναγνωρισμένο ISO 22000:2005, η λιγότερο απαιτητική πιστοποίηση του HACCP σύμφωνα με τις αρχές του Codex Alimentarius καθώς και άλλα εξειδικευμένα πρότυπα. Τέλος, με τη βοήθεια μιας Διαγνωστικής Μελέτης η επιχείρηση ελέγχεται ως προς το βαθμό που πληρεί τις προϋποθέσεις που θέτει το πρότυπο. Με τα προαναφερθέντα στάδια πριν αρχίσει το έργο, η επιχείρηση γνωρίζει τι ακριβώς πρέπει να κάνει και πόσο θα της κοστίσει, προκειμένου να εγκαταστήσει ένα σύστημα ασφάλειας των τροφίμων.

Στη συνέχεια, ακολουθούνται ορισμένα βήματα που είναι κοινά για όλα τα πρότυπα (με ορισμένες γενικεύσεις). Η σωστή διαδικασία εγκατάστασης ενός συστήματος ασφάλειας των τροφίμων είναι χρονοβόρα και ιδιαίτερα απαιτητική σε θέματα εκπαίδευσης του προσωπικού. Η εκπαίδευση είναι καθοριστικός παράγοντας για να εφαρμοστεί το σύστημα και να είναι χρήσιμο εργαλείο και όχι γραφειοκρατικό πρόβλημα. Όταν το σύστημα εφαρμοστεί σε πραγματικές συνθήκες για ικανό χρονικό διάστημα, τότε πραγματοποιείται επιθεώρησή του από ανεξάρτητο φορέα. Εφόσον η επιθεώρηση είναι επιτυχής, τότε χορηγείται το αντίστοιχο πιστοποιητικό το οποίο έχει συγκεκριμένη χρονική ισχύ και θα πρέπει να επανελέγχεται σε ετήσια, συνήθως, βάση.